این مسجد که به جامع‌الاعلى نیز معروف است و در مرکز شهر واقع شده، قبل از اسلام معبد بت پرستان بوده و سپس به کلیسا و در هفدهم هجرى به مسجد تبدیل شده است.
جامع کبیر صحنى بزرگ و دو مناره از آثار دوره ی سلجوقى، ساخته ی (529 هـ) و (825 هـ) دارد که در 529 و 825 ق ساخته و دوران مهدى عباسى (169 ق.) ممالیک بازسازى شده است.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
