کمى بالاتر از دارالاماره و قصر الضیافه، در سمت راست، درب کوچکى است که پس از عبور از راهرویى به زیرزمین و در حقیقت به زندان مخوف قلعه راه مى‌یابیم.
زندان از دو قسمت تشکیل شده است، اولى که زیر زمینى وسیع با دو سالن بزرگ است و قسمت دیگرى که به وسیله ی پله‌اى بسیار باریک به آن راه است، این جا مکانى عمیق‌تر و بسیار وحشتناک و تاریک است که هیچ روزنه و نورى ندارد. گویا این زندان براى مجرمان و یا افراد خطرناک با جرائم سنگین‌تر بوده است.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
