این مدرسه در نزدیکى قصر العظم – یعنى در سمت قبله و جنوب جامع اموى به فاصله یکصد مترى – آن است که مهذب الدین عبدالرحیم بن على بن حامد معروف به «الدخوار» به سال 621 هجرى ساخته است. دخواریه خود ازعلماى بزرگ طب در دمشق بود که به لقب «شیخ الاطباء» مفتخر گردیده است. ساختمان آن اکنون بلا استفاده است.(1)
1) نعیمی، الدارس فی تاریخ المدارس ج2، صص 109 ـ 100؛ احمد عیسی بک، همان کتاب ص 45.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
