این مسجد در 981 هجرى به وسیله ی «مراد پاشا» والى عثمانى دمشق براى فرقه ینقشبندیه ساخته شد.(1) روبه‌روى این مسجد «مقبره شیخ حسن جباوى» (متوفاى 914 ق.) است که از اقطاب و بزرگان «فرقه ی سعدیه» بوده است. مکان جامع نقشبندیه در خیابان
»میدان» و کمى بالاتر از درب غربى مقبره ی باب الصغیر و در مدخل سوق الساروجیه است.
1) قتیبه شهابی، همان کتاب، ص 417.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
