جامع اموى در دوران‌هاى مختلف دچار آتش سوزى شده و قسمت‌هاى عمده‌اى از آن از میان رفته، ولى دوباره بازسازى شده است.
1. نخستین آتش سوزى
در نیمه ی شعبان 461 هجرى رخ داد. علت آن درگیرى میان سپاهیان امیر سپاه مصر؛ یعنى بدرالجمالى در دمشق بوده است. دسته‌اى از آنان خانه‌اى در مجاورت جامع اموى را به آتش کشیدند و لذا آتش به مسجد سرایت کرد. مردم بلافاصله به خاموش کردن آن اقدام کردند ولى آتش از صحن گذشت و به شبستان و محراب و بالاى قبه رسید.(1)
2. دوّمین آتش سوزى
در 740 هجرى به واسطه ی آتش سوزى که در بازار «طرائفیین» در مجاورت جامع رخ داد، آتش به دیوار قسمت معروف به مشهد ابى‌بکر سرایت کرد و به مناره ی شرقى رسید.(2) البته نسبت به نخستین آتش سوزى، خسارات و خرابى کمترى داشت و بلافاصله
مناره ی آن نیز مرمّت شد.
3. سومین آتش سوزى
در شعبان 803 هجرى رخ داد ولى خسارت فراوانى ببار نیاورد(3) که علت آن روشن نیست.
4. چهارمین آتش سوزى
در سال 884 هجرى، باز جامع اموى دچار حریق گردید، (4) که علت آن نیز روشن نشد.
5. پنجمین آتش سوزى
در روز شنبه چهارم ربیع الثانى 1311 هجرى حریق بزرگى در مسجد رخ داد وعلت آن نیز تعمیر سقف صحن غربى بود که به وسیله ی جرقه‌اى سقف آتش گرفت؛ و شبستان غربى به کلى سوخت ولى در 1316 هجرى دوباره تعمیر شد؛ رأس یحیى علیه السلام و رأس الحسین علیه السلام نیز که دچار حریق شده بود تعمیر گشت. گویند در این آتش سوزى مصحف عثمان که به خط کوفى بوده و از مسجد عقیق در بُصرى آورده شده بود، سوخت.
در 1317 هجرى نیز قسمت شرقى مسجد و در سال 1320 هجرى قسمت غربى آن تعمیر گردید. از بناى قدیم این قسمت‌ها جز دو دیوار و بعضى از کتیبه‌هاى سلاجقه، و ایوبیان و ممالیک چیزى باقى نماند. به جاى منبر و محراب آن که سوخته بود محراب جدیدى ساختند. تمامى این تعمیرات به دستور سلطان عبدالمجید عثمانى انجام گردید.(5)
1) ابن عمری، همان کتاب، ص 71؛ اکرم العلبی، دمشق، ص 288؛ ابن کثیر، همان کتاب، ج 12، ص 97 و 98؛ نعیمی، الجامع الأموی، ص 119.
2) ابن عمری، همان کتاب، ص 135 و همچنین الدراس فی تاریخ المدارس، ج 2، ص 302.
3) اکرم العلبی، همان کتاب، ص 288.
4) پیشین، همان جا.
5) مطیع الحافظ، حریق الجامع الأموی، صص 13 و 59؛ اکرم العلبی، همان کتاب، ص 288.
