هنگامى که امام سجاد علیه السلام در مسجد اموى، در حال اسارت بودند، در شمال شرقى جامع و کنار در شرقى آن، در مکانى به تهجّد و عبادت مى‌پرداختند.
ابن عساکر گوید آن حضرت هر شب و روز در این مکان هزار رکعت نمازمى‌گزاردند.(1) نمازگاه امام سجاد علیه السلام که پس از شبستان بزرگى قرار داشته و داراى محرابى زیبا از سنگ به وسیله ی محفظه‌اى شیشه‌اى حفاظت مى‌شود. این محراب در مجاورت رأس الحسین علیه السلام قرار دارد.
1) ابن حورانی، زیارات الشام، ص 21 ـ 20.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
