گویند حضرت خضرِ نبى علیه السلام در مسجد اموى همواره عبادت مى‌کرده است.(1) مکان آن در سمت شرقى قبله (جنوب شرقى) نزدیک مأذنه ی شرقى بوده است. اکنون نزدیک به
محراب اصلى مسجد و به موازات مقام هود بر دیوار قبله عنوان «هذا مقام خضر النبى» بر دایره‌اى سبزرنگ دیده مى‌شود. گفتنى است مقام حضرت خضر در بسیارى از نقاط سوریه دیده مى‌شود. آن حضرت بر اساس روایات، تا ظهور حضرت مهدى (عج) زنده هستند.
1) ابن حورانی، زیارات الشام، ص 14 ـ 15.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
