این مسجد داراى سه مأذنه ی بزرگ است که از سنگ و به صورت مربع ساخته شده و در سمت شمال، جنوب غربى و جنوب شرقى قرار گرفته است.
1. مأذنه ی شرقى؛ این مئذنه به «منارة البیضاء» و «مناره ی عیسى» معروف است. گویند حضرت عیسى علیه السلام در آخرالزمان بر این مأذنه فرود خواهد آمد. در گذشته سنگى در کنار آن بوده که مى‌پنداشتند قطعه‌اى از همان سنگ است که موسى با عصاى خود برآن زد و دوازده چشمه از آن جارى شد.(1) نعیمى در قرن نهم کتیبه‌اى یونانى به تاریخ 224 قبل از میلاد بر روى مئذنه ی شرقى مشاهده کرده است.(2) بنابراین، روشن است این مناره متعلق به کلیسا و بناى قبلى آن بوده است.
2. مأذنه ی شمالى؛ این مئذنه به «العروس» مشهور است. آن را بدین جهت عروس گفته‌اند که در زمان‌هاى قدیم، مردم به هنگام اجراى مراسم عروسى و جشن‌ها، با نصب‌چراغ و آویزان کردن دستمال‌ها و پارچه‌هاى رنگارنگ، آن را تزیین مى‌کرده‌اند ومعتقد بودند این عمل باعث برکت خواهد شد.
3. مأذنه ی غربى؛ به مئذنه «آق باى» معروف است. (3) غزالیه یا محل تدریس امام محمد غزالى در کنار این مأذنه بوده است. این محل که شبستانى کوچک است. امروزه
درمجاورت درِ غربى؛ یعنى راه ورود به مسجد در انتهاى بازار حمیدیه قرار دارد.
1) مسعودی، همان کتاب، ج 2، ص 118.
2) نعیمی، همان کتاب، ص 28.
3) قتیبه شهابی، مأذن دمشق، ص 57، 65.
