در زوایاى چهارگانه ی مسجد، چهار مشهد به نام سه‌خلیفه و امام على علیه السلام موجود است:
1. مشهد ابى بکر؛ در شرق دیوار قبله، که در آن تعدادى کتب و خزائن وقف بوده است.
2. مشهد على علیه السلام؛ در شمال شرقى مسجد، همان‌جا که اکنون مقام رأس الحسین علیه السلام قرار دارد. در داخل مشهد على علیه السلام مکانى به نام «السجن» بوده است. گویند امام
سجاد علیه السلام هنگامى که بر ضدّ یزید سخنانى ارائه کردند، در آن‌جا محبوس شدند.
3. مشهد عمر؛ در غرب دیوار قبله ی مسجد بوده و اکنون به مشهد عروه معروف است. در این مکان جماعتى از علما به درس نشسته و کتب و خزائنى در آن داشته‌اند.
4. مشهد عثمان؛ در سمت شمال مسجد بوده و نایبِ سلطان، بر سمت پنجره ی آن و حاکم شافعى به سمت راست آن نماز مى‌گزاردند. به این مکان کلاسه نیز گفته مى‌شد که به مدرسه کلاسه در پشت جامع اموى راه داشت.
در این مشاهد، علماى مذاهب اسلامى به تدریس پرداخته و یا براى حل مشکلات به والیان مشاوره مى‌رسانده‌اند.
