آیة الله حاج شیخ مهدی نجفی «ره» بعد از حدود یک قرن خدمت به اسلام و مذهب حقه و مؤمنین در شب یکشنبه پنجم ماه صفر 1393 ه. ق برابر با 20 اسفند ماه سال 1351 ه. ش در منزل مسکونی واقع در محله ی پشت مسجد شاه (امام) اصفهان وفات یافت.
صبح روز دوشنبه 6 ماه صفر بعد از اقامه ی نماز با شکوهی بر ایشان به امامت آیة الله مجدالعلماء نجفی «ره» در مسجد شاه (امام) (1)، از جنازه مطهر تشییع کم نظیری از مسجد شاه تا فرودگاه سابق اصفهان می شود. و از فرودگاه با هواپیما به تهران و از تهران به مشهد مقدس رضوی منتقل می گردد و در حرم مقدس امام
رضا- علیه السلام- در حجره مقبرة العلماء، قرب دارالسیادة، به امر تولیت وقت دفن می گردد.
البته این حجره در تعمیرات اخیر حرم مطهر بازگشائی شده و در راه ورودی به حرم واقع گردیده است.
مرحوم مهدی اسامی برخی از علماء که در این حجره مدفون هستند را یاد می کند (2)
1) تصویر این نماز را می توانید در کتاب قبیله عالمان دین / 138 ببینید.
2) تاریخ علمی و اجتماعی اصفهان در دو قرن اخیر 3 / 186.
