در راهروى ورودى قلعه – در سمت راست – ایوانى است که داخل آن قبر و
صندوقى قرار دارد. گویند پاره‌اى از سر حضرت یحیى علیه السلام، فرزند زکریا علیه السلام در آن است.
این صندوق در 435 هجرى کشف شده و مکان آن به مقام ابراهیم علیه السلام و مقام خضر نیز معروف و در کنار آن نیز باب الجنان یا مشهد على علیه السلام است. وجه تسمیه ی آن به مشهد على علیه السلام به خاطر سنگ نبشته‌اى است که یاقوت حموى گوید خط على بن‌ابى طالب علیه السلام است.(1)
1) معجم البلدان ج2، ص284.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
