در مورد محل دفن و آرامگاه آن بانوی بزرگوار بین مورخان اختلاف نظر وجود دارد:
عده ای از مورخان معتقد هستند که حضرت زینب (علیهاالسلام) در مدینه بود و چون حادثه ی حره در سال 62 هجری رخ داد و غارت و کشتار مردم مدینه به اوج خود رسید، عبدالله بن جعفر، شوهر زینب برای آنکه ناراحتی او تجدید نشود و اندکی از تألم بیرون آید او را به مزرعه ی ییلاقی خود در نزدیکی شام (آرامگاه مشهور فعلی) برد و زینب (علیهاالسلام) در همانجا مریض شد و از دنیا رفت. پس از او خواهرش از غیر حضرت فاطمه (علیهاالسلام) به زینب کبری مشهور گشت و به مصر رفت و در آنجا از جهان رخت بربست. البته این نظریه را مورخین مورد اعتماد قبول ندارند.
نظریه ی دیگر، از مرحوم امین در کتاب اعیان الشیعه است. ایشان معتقدند که حضرت زینب (علیهاالسلام) در مدینه از دنیا رفت و در همانجا دفن گردید و در اثبات ادعای خود می فرماید: «آمدن زینب (علیهاالسلام) به مدینه برای ما ثابت است ولی خارج شدن او ثابت نیست، بنابراین آن حضرت در مدینه از دنیا رفته و در همانجا دفن گردیده است.«
مؤلف کتاب ریاحین الشریعه همین نظریه ی مرحوم امین را قبول دارد، و معتقد است که حضرت زینب (علیهاالسلام) در مدینه مدفون شده است و آرامگاه معروف مصر محل دفن زینب دختر یحیی بن الحسن بن زید بن الحسن بن علی بن ابیطالب است که در سال 193 هجری از دنیا رفته است.
نظریه ی دیگری که در کتاب بانوی قهرمان کربلا نقل شده، این است که: «بانوی قهرمان کربلا در سال 61 هجری وارد مصر گردید و اقشار مختلف مردم تا قریه ی «بلیس» هم از او استقبال کردند و فرماندار مصر مسلم بن مخلد انصاری هم با عده ای از اعیان و اشراف آن دیار به استقبال آن بانوی بزرگوار آمدند و بالاخره زینب (علیهاالسلام) در همانجا ماند تا از دنیا رفت.
این نظریه را نیز گروهی از مورخان قبول دارند، لکن اغلب محدثین مورد اطمینان آن را قبول ندارند. در هر حال آنچه که امروزه مشهور است، همان بقعه و بارگاه معروف شام را آرامگاه حضرت زینب (علیهاالسلام) می دانند.
حقیقت این است که حضرت زینب (علیهاالسلام) اگر چه جسم مطهرش محصور خاک گشته، لکن روح پاک و پرخروشش برای همیشه از قید مکان و زمان آزاد است. سفیر کربلا به خاطر عروج قابل تحسینش در میدان بندگی، حبل خدا و ولایت نام گرفت و هر کس به ولای او دم زند حقا از جرعه نوشان شراب عشق خواهد شد.
زینب کبری (علیهاالسلام) در میدان سیاست و بحرانهای اجتماعی نیز، آن گونه درخشید که قهرمانی کم نظیر تاریخ را بنام خود ثبت نمود. مسلما هر انسانی که درد و دغدغه ی دینداری داشته و در برابر آه مظلومان و عربده ی ظالمان سکوت ننماید و به خاطر مسئولیت در قبال اسلام و قرآن هر نوع
نابسامانی و آوارگی را به جان بخرد، به مقام قرب و بقعه ی معنوی زینب (علیهاالسلام) بار خواهد یافت و در واقع خود آن حضرت در جستجوی چنین افراد مسئول و درد آشناست. لکن آن کسانی که دردی جز شکم و شهوت نداشته و تنها به رفاه و خوشیهای دنیای فریبنده دلخوش نموده اند، حتی حاضر نیستند تماشاچی صحنه های پیکار مردان خداجو باشند و دینداری را با رفاه طلبی قابل جمع می دانند، قطعا با حقیقت آرمان و اندیشه ی بلند زینب کبری فرسنگها فاصله دارند، اگر چه قبر او را هم در آغوش کشند.
بنابراین هر کس که مایل است به طریقت زینب (علیهاالسلام) پا نهد، باید شوریده ای پریشان و عریانی نابسامان باشد. به قول عارف بزرگوار حضرت آیت الله حسن زاده آملی حفظه الله تعالی:
هر کس که هوای کوی دلبر دارد
از سر بنهد هر آنچه در سر دارد
ورنه به هزار چله ار بنشیند
سودش ندهد که نفس کافر دارد
